La devozione alla Maria Vergine aumentò a dismisura nel territorio molarese e nelle zone limitrofe, grazie anche a miracolose guarigioni, tanto che le ingenti offerte, provenienti da ogni ceto sociale, sfociarono nel 1608 in una delibera comunale per la realizzazione di una chiesa. Ci volle un ventennio ma alla fine, nel 1630, vennero celebrate le prime messe in suffragio della Madonna.

Dopo quasi un secolo di alterne fortune la chiesa, di proprietà comunale, attraversò un periodo buio a causa della latente povertà dei fedeli e della costruzione della nuova chiesa parrocchiale di Molare che assorbì ingenti quantità di offerte e maggior interesse.

Anche il successivo periodo napoleonico non favorì i pellegrinaggi alle Rocche ma, a partire dal secondo decennio, vi fu una brusca inversione di tendenza. Questa risultò determinante per l'avvenire della chiesa ed il 10 agosto 1823 la chiesa divenne Santuario. I festeggiamenti si protrassero per molti giorni attirando un numero elevatissimo di pellegrini. Fu in questa circostanza che l'arciprete Giuseppe Antonio Gaioli si assunse l'onere di costruire il ponte sul Rio Amione per favorire il pellegrinaggio dei fedeli. Tutto il XIX° secolo fu un periodo di grandi trasformazioni per il neo-Santuario. L'amministrazione comunale volle affidare il servizio religioso ad una congregazione capace di impegnare forze e danari per il mantenimento del Santuraio. Furono i Padri Passionisti, un ordine fondato San Paolo delle Croce di Ovada (1694 - 1775), che nel 1880 presero dimora alle Rocche. Da allora ebbe inizio un periodo di grande sviluppo per la comunità della frazione: in concomitanza con festività come la Pasqua o l'Assunta venivano addirittura organizzati treni speciali da Genova ed Acqui Terme che trasportavano migliaia di fedeli. Ebbe anche inizio una vicenda giuridico-amministrativa tra il Comune di Molare, i Padri Passionisti e la Diocesi di Acqui Terme terminata nel 1939 con un parere espresso dal Consiglio di Stato che di fatto sottraeva la proprietà del Santuario all'amministrazione comunale a favore della Diocesi. Da allora, i Padri Passionisti sono i custodi del Santuario di N.S. delle Rocche.